1937年1月，中共中央核心机关以及红军总部从陕北保安迁到延安后，傅连暲受命组建中央苏维埃医院，并任院长。红军改编后，中央苏维埃医院改称陕甘宁边区医院。1938年秋，延安遭到日机轰炸，为了安全，边区医院迁往安塞。
　　为加强中央机关和学校的医疗保健工作，中央调傅连暲组建中央总卫生处，并任处长。当时延安医务人员非常缺乏，总卫生处初建时，傅连暲手下仅有1名医生、1名护士、1名司药。既要巡诊、又要门诊，还有三间病房，收容急症病人。面对中央机关上万干部和学员，这样的局面怎么能适应呢？于是，傅连暲向党中央提出建议：组建一所中央医院。
　　1939年4月，中央同意了傅连暲的建议，并指示由他负责，会同外科大夫何穆，一起筹建中央医院。
　　何穆毕业于法国都鲁士大学，是一位肺科专家，也是边区为数不多的医学博士之一。他原任边区医院肺科主任。边区医院搬迁后，中央留他住在组织部，一面给中央首长看病，一面在卫生处门诊部上班。
　　何穆接受了筹建中央医院的重任后，中央组织部副部长李富春对他说：“你来边区已了解到不少情况，建医院困难是不少的。我们这里准备了3000元钱，需要的物资你们自己想办法解决。至于医院的选址，我请了两位打窑洞有经验的工人，帮你一起去选。”李富春还鼓励何穆说：“困难要一个个去解决，我们的医院建设，也只能由小而大，一步步地逐渐完善和科学化起来。”
　　后来，何穆领着两位工人，找到了位于中央政治局、陕北公学与中央保育院之间的李家瓜村旁一个山沟口的向阳山坡，决定就在这里打窑洞，建造医院。经过两个多月的施工，医院的40多个窑洞就挖建好了。
　　9月，中央医院的房屋建设和设施已初具规模，党中央任命傅连暲兼中央医院院长。为了使中央机关患病的干部能早日得到治疗，傅连暲决定，一面继续医院建设，一边开始收治病人。
　　9月下旬，何穆受领导之托，去重庆大后方招募一批愿意到陕甘宁边区工作的医务人员，并采购医疗器材。临行前，李富春让何穆带一封亲笔信给八路军驻重庆办事处主任钱之光，要他为何穆去香港采购医疗器材寻找机会，作好安排。
　　这时，傅连暲也在抓紧为医院的正式运转抽调人员，广罗人才。他首先派郁彬担任护士长，并协助何穆工作。又向中央组织部建议：从八路军军医院调来医务主任魏一斋，医生邵达、刘允中；从边区医院调来妇产科主任金茂岳。又从延安各机关、学校物色了一些曾经学过医、护、药、检的人员，将他们抽调到医院来工作。当时中央的领导人陈云、李富春、王首道等，对医院的筹建也给予大力支持、协助，陆续组织抽调了一批具有初、高中学历的女青年到医院担任护士。
　　但这座新建的医院究竟要办成什么模式，办多大规模，大家心里并不明确。当时军委卫生部所提的“陕甘宁边区所属卫生机关调整方案”是：中央干部医院仅编制院长兼协理员1人，医生1人，司药2人，护士2人，公务员、勤务员若干人，设30张床位，主要供领导干部疗养。但党中央并未采纳这个方案，还是决心要建设一座比较正规的综合性医院。
　　据说，新建的医院最初定名为“中央干部医院”，毛泽东听说后，不太同意，他说：“叫‘干部医院’，那老百姓有病看不看呢？我看，还是叫‘中央医院’好，面向延安和边区党政军民，为群众服务。”
　　1939年11月7日，延安中央医院正式宣告成立。延安中央医院从筹建之日起，就受到中共中央和陕甘宁边区政府的支持和关怀。1940年春，周恩来从苏联治病回到延安后，曾来中央医院视察。他听说医院的技术人员和仪器设备奇缺，就表示回到重庆一定想办法。回重庆后，周恩来马上通过宋庆龄、史沫特莱等友好人士，募集到一批药品、器材运回延安。特别重要的是，周恩来还从大后方输送了一批医务人员到延安中央医院工作。
　　中央医院还通过一些老关系，在重庆搞到了一些延安奇缺的伤寒和副伤寒甲、乙菌种。何穆听说周恩来将于近期回延安，就写信请他设法把菌种带过来。于是，周恩来亲自担当起带菌种的任务。他考虑得非常细，为了保障这些活菌种的安全，他将三管菌种都放在自己的上衣口袋里，一路小心翼翼。到延安后，他立即打电话告诉医院，菌种已经安全抵达。
　　周恩来在重庆，还吩咐有关人员注意购买一些医学方面的杂志。他每次回延安的时候，就把这些购买到的医学杂志带回延安。据李坚回忆：“每当魏一斋收到周副主席送给他的齐鲁大学校刊等与医学学术相关的读物时，心中总有说不出的高兴。”