抗日战争时期，陕甘宁边区是中共中央和中央军委所在地，是敌后抗日战争的政治指导中心和敌后抗日根据地的总后方。

1935年10月，中共中央率领中央红军长征到达陕北后，于11月在陕甘晋设立了“中华苏维埃人民共和国临时中央政府西北办事处”，简称西北办事处。1937年9月6日，西北办事处更名为陕甘宁边区政府，9月20日，陕甘宁边区政府正式成立。办公地设在延安市南关市场沟和南土狐村之间。1947年3月19日，国民党军胡宗南部攻占延安后，边区政府迁至绥德，1948年4月22日收复延安后又回到原址办公。

1949年5月西安解放后，陕甘宁边区政府随后迁至西安。1950年1月19日，西北军政委员会宣告成立。至此，陕甘宁边区政府结束了其历史使命。

陕甘宁边区政府旧址共有石窑50余孔、平房百余间，其中旧址院内有石窑洞48孔，东面一排13孔为财政厅、建设厅的办公室，南面一排13孔是民政厅、教育厅的办公室，半山上的22孔石窑洞，为边区政府机关干部宿舍；延安市政府东院内，有5孔石窑洞为原边区政府办公厅会议室旧址。

陕甘宁边区政府实行精兵简政，裁减冗员，勤政为民，崇尚节俭，戒奢倡廉，密切了党群关系、军民关系和军政关系，培育了以“自力更生、艰苦奋斗”为主要内容的延安精神。其历史地位和作用在中国革命史是十分重要的。毛泽东评价说：“延安和陕甘宁边区的人民对于全国人民是有伟大贡献的。”“全国一切革命工作人员，要永远保持过去十余年间在延安和陕甘宁边区的工作人员中所具有的艰苦奋斗的作风。”

为了弘扬革命传统，保护历史文物，延安市委、市政府从1953年开始，对边区政府驻地建筑进行了保护与修复，1959年对外开放。1961年3月，被国务院列为第一批全国重点文物保护单位。1961年3月4日，边区政府旧址被国务院列为全国重点文物保护单位。2016年12月被列为全国红色旅游经典景区名录。